/[MITgcm]/MITgcm_contrib/high_res_cube/README_ice
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Diff of /MITgcm_contrib/high_res_cube/README_ice

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revision 1.62 by dimitri, Sat Feb 25 16:59:00 2006 UTC revision 1.72 by dimitri, Sun Oct 15 17:38:42 2006 UTC
# Line 1  Line 1 
1  Instructions for setting up a cube-sphere integration with sea-ice.  Instructions for setting up a cube-sphere integration with sea-ice.
2  Date last updated: February 25, 2005  
3  216-CPU code and input used for integrating cube29.  =================
4    UPDATES
5    
6    October 15, 2006: 216-CPU code for cube40
7    
8    September 28, 2006: 216-CPU code for cube38
9    
10    September 4, 2006
11    Modified 32*32*6*15 experiments to use grid_cs32.* files from
12     verification/tutorial_held_suarez_cs/input instead of
13     tile* files from verification/global_ocean.cs32x15/input
14    
15    August 8, 2006: 216-CPU code and input used for cube37
16    using "June 10, 2006" MITgcm code.
17    
18    for online T/S profile diagnostics all that is needed is
19      profiles_init_fixed
20      profiles_inloop
21    see pkg/ecco/ecco_cost_init_fixed.F
22        pkg/ecco/cost_averagesfields.F
23    
24    
25  ##########################################################################  ##########################################################################
26  ##########################################################################  ##########################################################################
27  # getting the code from anonymous CVS server  # getting the code from anonymous CVS server
28    #
29    
30      bash or sh shell:
31        $ export CVSROOT=':pserver:cvsanon@mitgcm.org:/u/gcmpack'
32        $ cvs login
33          ( enter the CVS password: "cvsanon" )
34    
35      tcsh or csh shell:
36        $ setenv CVSROOT ':pserver:cvsanon@mitgcm.org:/u/gcmpack'
37        $ cvs login
38          ( enter the CVS password: "cvsanon" )
39    
40  cvs co MITgcm_contrib/high_res_cube/README_ice  cvs co MITgcm_contrib/high_res_cube/README_ice
41  cvs co MITgcm_contrib/high_res_cube/code-mods  cvs co MITgcm_contrib/high_res_cube/code-mods
# Line 13  cvs co MITgcm_contrib/high_res_cube/inpu Line 43  cvs co MITgcm_contrib/high_res_cube/inpu
43  cvs co MITgcm_contrib/high_res_cube/results  cvs co MITgcm_contrib/high_res_cube/results
44  cvs co MITgcm_code  cvs co MITgcm_code
45  cvs co MITgcm/verification/global_ocean.cs32x15  cvs co MITgcm/verification/global_ocean.cs32x15
46    cvs co MITgcm/verification/tutorial_held_suarez_cs/input
 # remove check in config_check.F  
 > C-TRM     IF ( highOrderVorticity .AND. useCubedSphereExchange ) THEN  
 > C-TRM       WRITE(msgBuf,'(2A)')  
 > C-TRM    &   'CONFIG_CHECK: highOrderVorticity Scheme does not work',  
 > C-TRM    &   ' on CubedSphere grid'  
 > C-TRM       CALL PRINT_ERROR( msgBuf , myThid)  
 > C-TRM       STOP 'ABNORMAL END: S/R CONFIG_CHECK'  
 > C-TRM     ENDIF  
47    
48    
49  ##########################################################################  ##########################################################################
# Line 40  cd .. Line 62  cd ..
62  mkdir run  mkdir run
63  cd run  cd run
64  \rm *  \rm *
65    \cp ../../tutorial_held_suarez_cs/input/grid* .
66  \cp ../input/* .  \cp ../input/* .
67  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/input/* .  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/input/* .
68  ../build/mitgcmuv >& output.txt  ../build/mitgcmuv >& output.txt
# Line 69  subplot(224), mypcolor(vice(:,:,6)'); co Line 92  subplot(224), mypcolor(vice(:,:,6)'); co
92    
93  ##########################################################################  ##########################################################################
94  ##########################################################################  ##########################################################################
95  # 32*32*6*15, 17-tile, 1-cpu cube sphere experiment  # 510*510*6*50, 216-cpu cube sphere on altix with ifort and pkg/diagnostics
96    # requires input files in sudirectories run_template and ncep_rgau
97    # these can be obained from lou:/u/menemenl/cube
98    
99  cd MITgcm/verification/global_ocean.cs32x15/code  cd MITgcm/verification/global_ocean.cs32x15/code
100  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/code-mods/* .  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/code-mods/* .
101  \cp ../code_alt/code.176t_8x4/* .  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/code-mods/s216t_85x85/* .
102    \cp SIZE.h_216 SIZE.h
103    \cp packages.conf_hr packages.conf
104    
105  cd ../build  cd ../build
106  \rm *  \rm *
107  ../../../tools/genmake2 -mods=../code  ../../../tools/genmake2 -mods=../code -of ../../../tools/build_options/linux_ia64_ifort+mpi_altix_nas
108  make depend  make depend
109  make  make -j
110    
111  cd ..  cd ..
112  mkdir run  mkdir run
113  cd run  cd run
114  \rm *  \rm *
115  \cp ../input/* .  \cp ../input/* .
116  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/input/* .  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/input/* .
117  ../build/mitgcmuv >& output.txt  ln -sf ../../../../run_template/* .
118    \rm pickup* data.pkg data.seaice data.exf_clim data.exf data bathy_Hmin50.bin
119    \rm *192_94* *cs32* *.m lev* tren* job_c* job_altix150 job_altix92_54t
120    ln -sf ../../../../run_template/pickup.0000000216.cube38 pickup.0000000216
121    ln -sf  ../../../../run_template/pickup_seaice.0000000216.cube38 pickup_seaice.0000000216
122    \cp ../build/mitgcmuv .
123    qsub job_altix
124    
125    
126  ##########################################################################  ##########################################################################
127  ##########################################################################  ##########################################################################
128  # 32*32*6*15, 2-cpu cube sphere on the altices with ifort  # 32*32*6*15, 17-tile, 1-cpu cube sphere experiment
129    
130  cd MITgcm/verification/global_ocean.cs32x15/code  cd MITgcm/verification/global_ocean.cs32x15/code
131  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/code-mods/* .  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/code-mods/* .
132  \cp ../../../utils/exch2/code-mods/s12t_16x32/* .  \cp ../code_alt/code.176t_8x4/* .
 \cp SIZE.h_mpi SIZE.h  
   
133  cd ../build  cd ../build
134  \rm *  \rm *
135  ../../../tools/genmake2 -mods=../code -of ../../../tools/build_options/linux_ia64_ifort+mpi_altix_nas  ../../../tools/genmake2 -mods=../code
136  make depend  make depend
137  make -j  make
   
138  cd ..  cd ..
139  mkdir run  mkdir run
140  cd run  cd run
141  \rm *  \rm *
142    \cp ../../tutorial_held_suarez_cs/input/grid* .
143  \cp ../input/* .  \cp ../input/* .
144  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/input/* .  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/input/* .
145  mpirun -np 2 ../build/mitgcmuv  ../build/mitgcmuv >& output.txt
146    
147    
148  ##########################################################################  ##########################################################################
149  ##########################################################################  ##########################################################################
150  # 510*510*6*50, 54-tile, 54-cpu cube sphere on the altices with efc  # 32*32*6*15, 2-cpu cube sphere on the altices with ifort
 # starting with pickup file from end of 1992  
 # requires input files in sudirectories run_template and ncep_rgau  
151    
152  cd MITgcm/verification/global_ocean.cs32x15/code  cd MITgcm/verification/global_ocean.cs32x15/code
153  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/code-mods/* .  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/code-mods/* .
154  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/code-mods/s54t_170x170/* .  \cp ../../../utils/exch2/code-mods/s12t_16x32/* .
155  \cp packages.conf_hr packages.conf  \cp SIZE.h_mpi SIZE.h
156    
157  cd ../build  cd ../build
158  \rm *  \rm *
159  ../../../tools/genmake2 -mods=../code -of ../../../tools/build_options/linux_ia64_efc+mpi_altix  ../../../tools/genmake2 -mods=../code -of ../../../tools/build_options/linux_ia64_ifort+mpi_altix_nas
160  make depend  make depend
161  make -j  make -j
162    
# Line 133  cd .. Line 164  cd ..
164  mkdir run  mkdir run
165  cd run  cd run
166  \rm *  \rm *
167    \cp ../../tutorial_held_suarez_cs/input/grid* .
168  \cp ../input/* .  \cp ../input/* .
169  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/input/* .  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/input/* .
170  qsub job_altix92_54t  mpirun -np 2 ../build/mitgcmuv
171    
172    
173  ##########################################################################  ##########################################################################
174  ##########################################################################  ##########################################################################
175  # 510*510*6*50, 216-cpu cube sphere on altix with ifort and pkg/diagnostics  # 510*510*6*50, 54-tile, 54-cpu cube sphere on the altices with efc
176    # starting with pickup file from end of 1992
177  # requires input files in sudirectories run_template and ncep_rgau  # requires input files in sudirectories run_template and ncep_rgau
 # these can be obained from lou:/u/menemenl/cube  
178    
179  cd MITgcm/verification/global_ocean.cs32x15/code  cd MITgcm/verification/global_ocean.cs32x15/code
180  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/code-mods/* .  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/code-mods/* .
181  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/code-mods/s216t_85x85/* .  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/code-mods/s54t_170x170/* .
 \cp SIZE.h_216 SIZE.h  
182  \cp packages.conf_hr packages.conf  \cp packages.conf_hr packages.conf
183    
184  cd ../build  cd ../build
185  \rm *  \rm *
186  ../../../tools/genmake2 -mods=../code -of ../../../tools/build_options/linux_ia64_ifort+mpi_altix_nas  ../../../tools/genmake2 -mods=../code -of ../../../tools/build_options/linux_ia64_efc+mpi_altix
187  make depend  make depend
188  make -j  make -j
189    
# Line 162  cd run Line 193  cd run
193  \rm *  \rm *
194  \cp ../input/* .  \cp ../input/* .
195  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/input/* .  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/input/* .
196  ln -sf ../../../../run_template/* .  qsub job_altix92_54t
 \rm pickup*  
 ln -sf ../../../../run_template/pickup.0000000216.cube27 pickup.0000000216  
 ln -sf  ../../../../run_template/pickup_seaice.0000000216.cube27 pickup_seaice.0000000216  
 \cp ../build/mitgcmuv .  
 qsub job_altix  
197    
198    
199  ##########################################################################  ##########################################################################
# Line 201  ln -sf  ../../../../run_template/pickup_ Line 227  ln -sf  ../../../../run_template/pickup_
227  qsub job_altix150  qsub job_altix150
228    
229    
   
   
230  ##########################################################################  ##########################################################################
231  ##########################################################################  ##########################################################################
232  # 510*510*6*50, 1500-tile, 375-cpu, excludes land  # 510*510*6*50, 1500-tile, 375-cpu, excludes land
# Line 235  ln -sf  ../../../../run_template/pickup_ Line 259  ln -sf  ../../../../run_template/pickup_
259  job_c20_375cpu < /dev/null >&! output.run &  job_c20_375cpu < /dev/null >&! output.run &
260    
261    
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
262  ##########################################################################  ##########################################################################
263  ##########################################################################  ##########################################################################
264  # 510*510*6*50, 1500-tile, 375-cpu, excludes land  # 510*510*6*50, 1500-tile, 375-cpu, excludes land
# Line 309  ln -sf  ../../../../run_template/pickup_ Line 323  ln -sf  ../../../../run_template/pickup_
323  job_c19_500cpu < /dev/null >&! output.run &  job_c19_500cpu < /dev/null >&! output.run &
324    
325    
   
   
   
326  ##########################################################################  ##########################################################################
327  ##########################################################################  ##########################################################################
328  # 510*510*6*50, 216-cpu cube sphere on cosmos  # 510*510*6*50, 216-cpu cube sphere on cosmos
# Line 347  ln -sf  ../../../../run_template/pickup_ Line 358  ln -sf  ../../../../run_template/pickup_
358  bsub < job_cosmos  bsub < job_cosmos
359    
360    
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
361  ##########################################################################  ##########################################################################
362  ##########################################################################  ##########################################################################
363  # 510*510*6*50, 216-tile, 54-cpu cube sphere on the altices with efc  # 510*510*6*50, 216-tile, 54-cpu cube sphere on the altices with efc
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