/[MITgcm]/MITgcm_contrib/high_res_cube/README_ice
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Diff of /MITgcm_contrib/high_res_cube/README_ice

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revision 1.65 by dimitri, Tue Sep 5 02:49:56 2006 UTC revision 1.70 by dimitri, Thu Oct 12 05:45:52 2006 UTC
# Line 1  Line 1 
1  Instructions for setting up a cube-sphere integration with sea-ice.  Instructions for setting up a cube-sphere integration with sea-ice.
2    
3  Last updated: September 4, 2006  September 28, 2006: 216-CPU code for cube38
4    
5    September 4, 2006
6  Modified 32*32*6*15 experiments to use grid_cs32.* files from  Modified 32*32*6*15 experiments to use grid_cs32.* files from
7   verification/tutorial_held_suarez_cs/input instead of   verification/tutorial_held_suarez_cs/input instead of
8   tile* files from verification/global_ocean.cs32x15/input   tile* files from verification/global_ocean.cs32x15/input
9    
10  Updated: August 8, 2006  August 8, 2006
11  216-CPU code and input used for integrating cube37  216-CPU code and input used for integrating cube37
12  using "June 10, 2006" MITgcm code.  using "June 10, 2006" MITgcm code.
13    
14    for online T/S profile diagnostics all that is needed is
15      profiles_init_fixed
16      profiles_inloop
17    see pkg/ecco/ecco_cost_init_fixed.F
18        pkg/ecco/cost_averagesfields.F
19    
20    
21  ##########################################################################  ##########################################################################
22  ##########################################################################  ##########################################################################
23  # getting the code from anonymous CVS server  # getting the code from anonymous CVS server
24    #
25    
26      bash or sh shell:
27        $ export CVSROOT=':pserver:cvsanon@mitgcm.org:/u/gcmpack'
28        $ cvs login
29          ( enter the CVS password: "cvsanon" )
30    
31      tcsh or csh shell:
32        $ setenv CVSROOT ':pserver:cvsanon@mitgcm.org:/u/gcmpack'
33        $ cvs login
34          ( enter the CVS password: "cvsanon" )
35    
36  cvs co MITgcm_contrib/high_res_cube/README_ice  cvs co MITgcm_contrib/high_res_cube/README_ice
37  cvs co MITgcm_contrib/high_res_cube/code-mods  cvs co MITgcm_contrib/high_res_cube/code-mods
# Line 69  subplot(224), mypcolor(vice(:,:,6)'); co Line 88  subplot(224), mypcolor(vice(:,:,6)'); co
88    
89  ##########################################################################  ##########################################################################
90  ##########################################################################  ##########################################################################
91  # 32*32*6*15, 17-tile, 1-cpu cube sphere experiment  # 510*510*6*50, 216-cpu cube sphere on altix with ifort and pkg/diagnostics
92    # requires input files in sudirectories run_template and ncep_rgau
93    # these can be obained from lou:/u/menemenl/cube
94    
95  cd MITgcm/verification/global_ocean.cs32x15/code  cd MITgcm/verification/global_ocean.cs32x15/code
96  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/code-mods/* .  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/code-mods/* .
97  \cp ../code_alt/code.176t_8x4/* .  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/code-mods/s216t_85x85/* .
98    \cp SIZE.h_216 SIZE.h
99    \cp packages.conf_hr packages.conf
100    
101  cd ../build  cd ../build
102  \rm *  \rm *
103  ../../../tools/genmake2 -mods=../code  ../../../tools/genmake2 -mods=../code -of
104    ../../../tools/build_options/linux_ia64_ifort+mpi_altix_nas
105  make depend  make depend
106  make  make -j
107    
108  cd ..  cd ..
109  mkdir run  mkdir run
110  cd run  cd run
111  \rm *  \rm *
 \cp ../../tutorial_held_suarez_cs/input/grid* .  
112  \cp ../input/* .  \cp ../input/* .
113  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/input/* .  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/input/* .
114  ../build/mitgcmuv >& output.txt  ln -sf ../../../../run_template/* .
115    \rm pickup* data.pkg data.seaice data.exf_clim data.exf data bathy_Hmin50.bin
116    \rm *192_94* *cs32* *.m lev* tren* job_c* job_altix150 job_altix92_54t
117    ln -sf ../../../../run_template/pickup.0000000216.cube38 pickup.0000000216
118    ln -sf  ../../../../run_template/pickup_seaice.0000000216.cube38 pickup_seaice.0000000216
119    \cp ../build/mitgcmuv .
120    qsub job_altix
121    
122    
123  ##########################################################################  ##########################################################################
124  ##########################################################################  ##########################################################################
125  # 32*32*6*15, 2-cpu cube sphere on the altices with ifort  # 32*32*6*15, 17-tile, 1-cpu cube sphere experiment
126    
127  cd MITgcm/verification/global_ocean.cs32x15/code  cd MITgcm/verification/global_ocean.cs32x15/code
128  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/code-mods/* .  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/code-mods/* .
129  \cp ../../../utils/exch2/code-mods/s12t_16x32/* .  \cp ../code_alt/code.176t_8x4/* .
 \cp SIZE.h_mpi SIZE.h  
   
130  cd ../build  cd ../build
131  \rm *  \rm *
132  ../../../tools/genmake2 -mods=../code -of ../../../tools/build_options/linux_ia64_ifort+mpi_altix_nas  ../../../tools/genmake2 -mods=../code
133  make depend  make depend
134  make -j  make
   
135  cd ..  cd ..
136  mkdir run  mkdir run
137  cd run  cd run
# Line 111  cd run Line 139  cd run
139  \cp ../../tutorial_held_suarez_cs/input/grid* .  \cp ../../tutorial_held_suarez_cs/input/grid* .
140  \cp ../input/* .  \cp ../input/* .
141  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/input/* .  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/input/* .
142  mpirun -np 2 ../build/mitgcmuv  ../build/mitgcmuv >& output.txt
143    
144    
145  ##########################################################################  ##########################################################################
146  ##########################################################################  ##########################################################################
147  # 510*510*6*50, 54-tile, 54-cpu cube sphere on the altices with efc  # 32*32*6*15, 2-cpu cube sphere on the altices with ifort
 # starting with pickup file from end of 1992  
 # requires input files in sudirectories run_template and ncep_rgau  
148    
149  cd MITgcm/verification/global_ocean.cs32x15/code  cd MITgcm/verification/global_ocean.cs32x15/code
150  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/code-mods/* .  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/code-mods/* .
151  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/code-mods/s54t_170x170/* .  \cp ../../../utils/exch2/code-mods/s12t_16x32/* .
152  \cp packages.conf_hr packages.conf  \cp SIZE.h_mpi SIZE.h
153    
154  cd ../build  cd ../build
155  \rm *  \rm *
156  ../../../tools/genmake2 -mods=../code -of ../../../tools/build_options/linux_ia64_efc+mpi_altix  ../../../tools/genmake2 -mods=../code -of ../../../tools/build_options/linux_ia64_ifort+mpi_altix_nas
157  make depend  make depend
158  make -j  make -j
159    
# Line 135  cd .. Line 161  cd ..
161  mkdir run  mkdir run
162  cd run  cd run
163  \rm *  \rm *
164    \cp ../../tutorial_held_suarez_cs/input/grid* .
165  \cp ../input/* .  \cp ../input/* .
166  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/input/* .  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/input/* .
167  qsub job_altix92_54t  mpirun -np 2 ../build/mitgcmuv
168    
169    
170  ##########################################################################  ##########################################################################
171  ##########################################################################  ##########################################################################
172  # 510*510*6*50, 216-cpu cube sphere on altix with ifort and pkg/diagnostics  # 510*510*6*50, 54-tile, 54-cpu cube sphere on the altices with efc
173    # starting with pickup file from end of 1992
174  # requires input files in sudirectories run_template and ncep_rgau  # requires input files in sudirectories run_template and ncep_rgau
 # these can be obained from lou:/u/menemenl/cube  
175    
176  cd MITgcm/verification/global_ocean.cs32x15/code  cd MITgcm/verification/global_ocean.cs32x15/code
177  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/code-mods/* .  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/code-mods/* .
178  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/code-mods/s216t_85x85/* .  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/code-mods/s54t_170x170/* .
 \cp SIZE.h_216 SIZE.h  
179  \cp packages.conf_hr packages.conf  \cp packages.conf_hr packages.conf
180    
181  cd ../build  cd ../build
182  \rm *  \rm *
183  ../../../tools/genmake2 -mods=../code -of ../../../tools/build_options/linux_ia64_ifort+mpi_altix_nas  ../../../tools/genmake2 -mods=../code -of ../../../tools/build_options/linux_ia64_efc+mpi_altix
184  make depend  make depend
185  make -j  make -j
186    
# Line 164  cd run Line 190  cd run
190  \rm *  \rm *
191  \cp ../input/* .  \cp ../input/* .
192  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/input/* .  \cp ../../../../MITgcm_contrib/high_res_cube/input/* .
193  ln -sf ../../../../run_template/* .  qsub job_altix92_54t
 \rm pickup* data.pkg data.seaice data.exf_clim data.exf data  
 \rm *192_94* *cs32* *.m lev* tren* job_c* job_altix150 job_altix92_54t  
 ln -sf ../../../../run_template/pickup.0000000216.cube27 pickup.0000000216  
 ln -sf  ../../../../run_template/pickup_seaice.0000000216.cube27 pickup_seaice.0000000216  
 \cp ../build/mitgcmuv .  
 qsub job_altix  
194    
195    
196  ##########################################################################  ##########################################################################
# Line 204  ln -sf  ../../../../run_template/pickup_ Line 224  ln -sf  ../../../../run_template/pickup_
224  qsub job_altix150  qsub job_altix150
225    
226    
   
   
227  ##########################################################################  ##########################################################################
228  ##########################################################################  ##########################################################################
229  # 510*510*6*50, 1500-tile, 375-cpu, excludes land  # 510*510*6*50, 1500-tile, 375-cpu, excludes land
# Line 238  ln -sf  ../../../../run_template/pickup_ Line 256  ln -sf  ../../../../run_template/pickup_
256  job_c20_375cpu < /dev/null >&! output.run &  job_c20_375cpu < /dev/null >&! output.run &
257    
258    
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
259  ##########################################################################  ##########################################################################
260  ##########################################################################  ##########################################################################
261  # 510*510*6*50, 1500-tile, 375-cpu, excludes land  # 510*510*6*50, 1500-tile, 375-cpu, excludes land
# Line 312  ln -sf  ../../../../run_template/pickup_ Line 320  ln -sf  ../../../../run_template/pickup_
320  job_c19_500cpu < /dev/null >&! output.run &  job_c19_500cpu < /dev/null >&! output.run &
321    
322    
   
   
   
323  ##########################################################################  ##########################################################################
324  ##########################################################################  ##########################################################################
325  # 510*510*6*50, 216-cpu cube sphere on cosmos  # 510*510*6*50, 216-cpu cube sphere on cosmos
# Line 350  ln -sf  ../../../../run_template/pickup_ Line 355  ln -sf  ../../../../run_template/pickup_
355  bsub < job_cosmos  bsub < job_cosmos
356    
357    
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
   
358  ##########################################################################  ##########################################################################
359  ##########################################################################  ##########################################################################
360  # 510*510*6*50, 216-tile, 54-cpu cube sphere on the altices with efc  # 510*510*6*50, 216-tile, 54-cpu cube sphere on the altices with efc
Legend:
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changed lines
  Added in v.1.70
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